Nach der Ausbreitung der Reformation begann auch in der katholischen Kirche eine Neuerungsbewegung. Man spricht darum auch von einer Gegenreformation. Man wollte möglichst viele Protestanten für den katholischen Glauben zurückgewinnen, aber auch die eigene Kirche reformieren.
Man spricht heutzutage meist eher vom Zeitalter der Glaubenskämpfe, das dann bis zum Ende des Dreißigjährigen Krieges reicht, also von 1555, dem Datum des Augsburger Religionsfriedens, bis 1648, dem Westfälischen Frieden.
Was war das Zeitalter der Glaubenskämpfe? Warum spricht man auch von einer Gegenreformation der Katholischen Kirche?
Es kam in diesem Zeitraum in ganz Europa zu einer Reihe von Kriegen, die aus den religiösen Gegensätzen resultieren, sich aber mit Machtkämpfen innerhalb der Länder sowie der Länder untereinander verbinden. So führten etwa England, Spanien, Frankreich und die Niederlande erbitterte Kriege um den Glauben, aber eben auch um die politische Vormacht.
Beide Gründe vermischten sich immer wieder. Die katholische Kirche wurde durch die protestantische Bewegung zu einer Neubesinnung gezwungen. Man wollte die Gläubigen zurückgewinnen. Eine Folge davon war die Gründung des Jesuitenordens. Ein Spanier namens Ignatius von Loyola gründete den neuen Orden, eine Glaubensgemeinschaft mit dem Namen „Gesellschaft Jesu“. Sie schufen sich einen strengen Aufbau und unterstellten sich direkt dem Papst. Das Ziel der Jesuiten war die Wiedererstarkung des katholischen Glaubens und seine Ausbreitung. So widmeten sie sich stark der Mission, also der Verbreitung des Glaubens, und der Bildung, indem sie Jesuitenschulen gründeten.
Offizieller Ausgangspunkt der Reform der katholischen Kirche wurde das Konzil von Trient. Es fand mit mehreren Sitzungen von 1545 bis 1563 statt. Es sollte endlich geklärt werden, wie die katholische Kirche mit der Reformation umgehen solle. Missstände sollten beseitigt werden. Der katholische Glaube sollte in Abgrenzung zu den Protestanten neu bestimmt werden. Von Luther und seiner Lehre grenzte man sich ab. Nicht nur die Bibel selbst, sondern auch die Auslegung durch die Kirche gilt als Grundlage des Glaubens. Damit grenzte man sich zu Luthers Schriftprinzip ab. Und man hielt an den sieben Sakramenten fest, während Luther nur noch zwei gelten ließ, nämlich das Abendmahl und die Taufe. Ein Sakrament ist im Christentum eine Handlung, die dem Menschen die Gnade Gottes übermittelt. Im katholischen Glauben sind zum Beispiel auch Firmung, Ehe und Buße Sakramente. Man beschloss auf dem Konzil von Trient aber noch mehr. Eine Häufung von Ämtern in einer Person wurde verboten, die Ausbildung der Priester wurde verbessert und ketzerische Schriften wurden verboten. Die Verweltlichung der Kirche wurde also nun bekämpft.
In Spanien baute Philipp II. in dieser Zeit die Macht seines Landes weiter aus. 1559 schloss er nach 60 Jahren Frieden mit Frankreich. 1571 besiegte er die Türken in der Seeschlacht bei Lepanto. An den Niederlanden und England jedoch scheiterte er. So begann ein Krieg zwischen Spanien und den Niederlanden, der 80 Jahre dauern sollte. Der nördliche Teil der Niederlande war im Zuge der Reformation zum Calvinismus übergetreten und somit protestantisch. Der südliche Teil war dagegen katholisch geblieben. 1568 begann der Krieg, in dessen Verlauf sich die nördlichen Provinzen zusammenschlossen und als Vereinigte Niederlande ihre Unabhängigkeit erklärten.
In England regierte seit 1558 Elisabeth I., die Tochter Heinrichs VIII. Elisabeth war evangelisch. Nicht nur in der Religionsfrage standen sich England und Spanien feindlich gegenüber. Die beiden Länder waren auch Konkurrenten um die Kolonien und die Vormacht im aufblühenden Sklavenhandel. So unterstützte Elisabeth nicht nur die Niederlande in ihrem Kampf gegen Spanien, sondern auch englische Piraten wie Francis Drake, die spanische Schiffe kaperten. Der Konflikt gipfelte darin, dass Spanien England zur See angriff. Doch die spanische Flotte, die Armada, erlitt 1588 eine herbe Niederlage. Der Untergang der Armada besiegelte Englands Vormachtstellung als Seemacht.
Und was war in Frankreich los? Die Protestanten dort, die Hugenotten, wurden verfolgt. Das katholische Königshaus und mächtige Adlige aus dem Haus Guise gingen mit aller Gewalt gegen sie vor. So ließ der Herzog von Guise 1562 unzählige Hugenotten im Blutbad von Wassy ermorden. Das löste die Hugenottenkriege aus. Zwischenzeitlich verbuchten die Hugenotten Erfolge. So wurde ihnen 1570 volle Glaubensfreiheit zugesichert. Doch der katholische Widerstand formierte sich neu und es kam wieder zu einem Blutbad. In der Bartholomäusnacht wurden 1572 Tausende von Hugenotten ermordet. Als 1589 mit Heinrich von Navarra ein Hugenotte den Thron bestieg, da das bisherige Königshaus in männlicher Linie ausgestorben war, musste nun er gegen die Katholiken und ihre Heilige Liga kämpfen. Indem er 1593 zum katholischen Glauben übertrat, besänftigte er alle Gemüter und sicherte dann 1598 den Hugenotten im Edikt von Nantes Glaubensfreiheit zu.
Eher friedlich ging es nach dem Augsburger Religionsfrieden von 1555 im Heiligen Römischen Reich deutscher Nation zu. Dennoch waren die religiösen Gegensätze nicht beendet. Im Vorfeld zum Dreißigjährigen Krieg kam es schon zu mehreren Konflikten, die schließlich zur Gründung von Bündnissen führten: 1608 die Protestantische Union unter Führung von Friedrich V. von der Pfalz und 1609 die Katholische Liga unter Führung von Maximilian von Bayern.