Der Fünfte Koalitionskrieg war ein Krieg zwischen Frankreich und Österreich. Österreich hoffte darauf, dass Napoleons Truppen in Spanien gebunden seien, das sich von der Fremdherrschaft der Franzosen lösen wollte und um seine Unabhängigkeit kämpfte. Das aber sollte sich als Fehleinschätzung erweisen.
Kriegsbeginn und Einnahme Wiens
Am 10. April 1809 griff Österreich das mit Frankreich verbündete Bayern an. Der Feldherr der Österreicher, Erzherzog Karl, rückte mit seinen Truppen vor. Bei Regensburg mussten die Österreicher hohe Verluste hinnehmen. Am 13. Mai wurde Wien von den Franzosen besetzt. Bei ihrem Rückzug zerstörten die Österreicher die Brücken über die Donau.
Schlacht bei Aspern - erstmals unterliegt Napoleon im Feld
Am 21. und 22. Mai 1809 kam es zur Schlacht bei Aspern östlich von Wien, als Napoleon versuchte, das andere Donauufer zu gewinnen. Unter Erzherzog Karl drängten die Österreicher Frankreich zurück und verhinderten die Überquerung des Flusses. Es war Napoleons erste Niederlage in einer Feldschlacht. Die angebliche Unbesiegbarkeit Napoleons war damit wiederlegt.
Schlacht bei Wagram
Jedoch konnte Napoleon seinen Ruf in der Schlacht bei Wagram am 5. und 6. Juli 1809 wieder herstellen. Beide Seiten erlitten hohe Verluste, doch Napoleon blieb Sieger. Die Österreicher wichen zurück und schließlich bat Karl um Waffenstillstand.
Frieden von Schönbrunn
Am 14. Oktober 1809 schloss Österreich mit Frankreich den Frieden von Schönbrunn. Franz I. musste mehrere Gebiete an Bayern und an Frankreich abtreten, Österreich war nach der Niederlage geschwächt. Ein Aufstand in Tirol unter Andreas Hofer wurde von bayerischen Truppen niedergeschlagen. Napoleon heiratete im März 1810 die österreichische Kaisertochter Marie Louise. Von seiner Frau Josephine hatte er sich im Jahr zuvor getrennt, da sie ihm nicht den erwünschten Thronfolger gebar.